Tên gọi Kim Lan chưa biết xuất hiện từ bao giờ, nhưng trong bản thần tích vị thần làng do Đông các đại học Nguyễn Bính soạn năm 1472 có ghi: “Xã Kim Lan, huyện Gia Lâm, phủ Thuận An, đạo Kinh Bắc”.
Vào nửa cuối thế kỷ XIX, theo Đinh Xuân Vịnh, tác giả sách Sổ tay địa danh Việt Nam, dưới triều Nguyễn, do kiêng huý tên gọi chúa Nguyễn Phúc Lan, Kim Lan mới đổi gọi Kim Quan.
Qua các dấu tích còn lại, có thể đoán định, tên xã Kim Lan đổi gọi Kim Quan diễn ra khoảng trước năm 1870, vì theo các chữ Hán ghi trên quả chuông tại ngôi chùa làng đúc năm 1797 ghi: “Kinh Bắc xứ, Thuận An phủ, Gia Lâm huyện, Kim Lan xã” và chiếc khánh đồng của chùa đúc năm Tân Dậu 1861, cũng ghi tên xã là Kim Lan, đến năm Canh Ngọ niên hiệu Tự Đức 24 (1871) ghi là Kim Quan. Sách Tên làng tên xã Việt Nam đầu thế kỷ XIX cho biết, vào thời cuối triều Lê đầu triều Nguyễn.
Kim Lan là một xã độc lập thuộc tổng Đông Dư, phủ Thuận An, trấn Kinh Bắc (năm Minh Mệnh thứ 3-1822, trấn Kinh Bắc đổi thành trấn Bắc Ninh, năm Minh Mệnh 12-1831 đổi thành tỉnh Bắc Ninh).
Năm 1912, huyện Gia Lâm từ phủ Thuận Thành (Thuận An) cũ được cắt về phủ Từ Sơn). Năm 1948, sáp nhập 3 xã Kim Quan, Bát Tràng Giang Cao thành một xã lấy tên là xã Quang Minh, thuộc huyện Gia Lâm, tỉnh Bắc Ninh. Đến tháng 2-1949, huyện Gia Lâm cắt về tỉnh Hưng Yên; tháng 11-1949 lại cắt trả về Bắc Ninh.
Năm 1958, sau khi đào sông Bắc Hưng Hải, thôn Kim Quan nằm ở phía Nam, còn hai làng Bát Tràng và Giang Cao nằm ở phía Bắc của sông. Để tiện sinh hoạt, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 301-NĐ-CQTT, tách thôn Kim Lan từ xã Quang Minh để thành lập xã riêng.
Lúc này, do không còn lệ kiêng huý, Kim Lan lại trở về với tên gọi có từ xa xưa là xã Kim Lan, thuộc huyện Gia Lâm, tỉnh Bắc Ninh. Ngày 20-4-1961, Quốc hội nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa khóa II kỳ họp thứ 2 phê chuẩn Nghị quyết của Chính phủ về việc mở rộng địa giới Thủ đô Hà Nội lần thứ nhất, xã Kim Lan cùng 14 xã của huyện Gia Lâm,Hà Nội
